由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業(yè)在建造自動化立體倉庫時只重視辦公、實驗(包括研發(fā))的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發(fā)展來達(dá)到要求。但是貨架越高，機(jī)械設(shè)備的采購成本和運行成本也就越高。除此之外，由于自動化立體倉庫內(nèi)優(yōu)的物流路線是直線形的，但在倉庫設(shè)計時往往會受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網(wǎng)狀)，這會增加許多不必要的投入和麻煩。

不管自動化立體倉庫的自動化程度有多高，具體運作時仍需要一定的人工勞動，因此工作人員的數(shù)量要合適。人員不足會降低倉庫的效率，太多又會造成浪費。自動化立體倉庫采用了大量的設(shè)備，因此對人員的素質(zhì)要求比較高，人員素質(zhì)跟不上，同樣會降低倉庫的吞吐能力。第三方物流企業(yè)需要招聘的人才，并對其進(jìn)行的培訓(xùn)。

自動化立體倉庫的上游、下游及其內(nèi)部各子系統(tǒng)的協(xié)調(diào)，有一個木桶效應(yīng)的問題，即短的那一塊木板決定了木桶的容量。有的倉庫采用了很多的高科技產(chǎn)品，各種設(shè)施設(shè)備也非常，但是由于各子系統(tǒng)間協(xié)調(diào)性、兼容性不好，造成整體運作能力比預(yù)期差很多。

組成部分
1、貨架:用于存儲貨物的鋼結(jié)構(gòu)。主要有焊接式貨架和組合式貨架兩種基本形式。
2、托盤（貨箱）：用于承載貨物的器具，亦稱工位器具。
3、巷道堆垛機(jī):用于自動存取貨物的設(shè)備。按結(jié)構(gòu)形式分為單立柱和雙立柱兩種基本形式；按服務(wù)方式分為直道、彎道和轉(zhuǎn)移車三種基本形式。
4、輸送機(jī)系統(tǒng):立體庫的主要外圍設(shè)備，負(fù)責(zé)將貨物運送到堆垛機(jī)或從堆垛機(jī)將貨物移走。輸送機(jī)種類非常多，常見的有輥道輸送機(jī)，鏈條輸送機(jī)，升降臺，分配車，提升機(jī)，皮帶機(jī)等。
5、AGV系統(tǒng):即自動導(dǎo)向小車。根據(jù)其導(dǎo)向方式分為感應(yīng)式導(dǎo)向小車和激光導(dǎo)向小車。
6、自動控制系統(tǒng):驅(qū)動自動化立體庫系統(tǒng)各設(shè)備的自動控制系統(tǒng)。以采用現(xiàn)場總線方式為控制模式為主。
7、儲存信息管理系統(tǒng):亦稱中央計算機(jī)管理系統(tǒng)。是全自動化立體庫系統(tǒng)的核心。典型的自動化立體庫系統(tǒng)均采用大型的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)（如ORACLE，SYBASE等）構(gòu)筑典型的客戶機(jī)/服務(wù)器體系，可以與其他系統(tǒng)（如ERP系統(tǒng)等）聯(lián)網(wǎng)或集成。

節(jié)約倉庫占地面積，使倉庫的空間實現(xiàn)了充分的利用。由于自動化立體倉庫采用大型倉儲貨架的拼裝，又加上自動化管理技術(shù)使得貨物便于查找，因此建設(shè)自動化立體倉庫就比傳統(tǒng)倉庫的占地面積小，但是空間利用率大。在發(fā)達(dá)國家，提高空間的利用率已經(jīng)作為系統(tǒng)合理性和性的重要考核指標(biāo)。在提倡節(jié)能環(huán)保的今天，自動化立體倉庫在節(jié)約占地資源上有著很好的效果，也是必將使未來倉儲發(fā)展的一大趨勢。
自動化立體倉庫可以形成的生產(chǎn)鏈，促進(jìn)了生產(chǎn)力的進(jìn)步。人士指出，由于自動化立體倉庫的存取，因此可以有效地連接倉庫外地生產(chǎn)環(huán)節(jié)，可以在存儲中形成自動化的物流系統(tǒng)，從而形成有計劃有編排的生產(chǎn)鏈，使生產(chǎn)能力得到了大幅度的提升。