地殼中保存的屬于古地質(zhì)年代的動物或植物的遺體、遺物或生物留下的痕跡叫化石。動物化石包括“肉質(zhì)化石”和“骨質(zhì)化石”。
保存于地層中的古生物遺體、遺物或遺跡，埋藏在地下，經(jīng)過自然界的作用，變化而成的保留原物體、遺跡形狀、結(jié)構(gòu)或印模的鈣化、碳化、硅化、礦化的東西。研究化石可了解生物的發(fā)展情況，并能據(jù)以確定地層的年代。艾青《魚化石》詩：“凝視著一片化石，傻瓜也得到教訓(xùn)：離開了運動，就沒有生命。
《山海經(jīng)》也有“石魚”（即魚化石）的記述；南朝齊梁時期陶弘景有對琥珀中古昆蟲的記述；宋朝沈括對螺蚌化石和杜綰對魚化石的起源，已有了正確認識。迄今，發(fā)現(xiàn)早的細菌化石為距今35億年前的澳大利亞瓦拉翁納群中的絲狀細菌化石。
化石的定義：化石是指所謂化石是指保存在巖層中地質(zhì)歷史時期的古生物遺物和生活遺跡以及生物成因的殘留有機分子。
有胚植物現(xiàn)知古老的生痕化石源自于奧陶紀，雖然此類的化石是零碎不全的。到了志留紀才有完整個化石被保留下來，包括石松門的“刺石松”。泥盆紀之后，萊尼蕨門的詳細化石在此時期被發(fā)現(xiàn)，此化石顯示出了其植物組織的單一個細胞。泥盆紀時亦出現(xiàn)了被認為是古老樹木的植物“古羊齒屬”，此類植物在其樹干上有蕨葉，但此蕨葉不會產(chǎn)生孢子。
在有文字記載的人類歷史的早期，某些希臘學(xué)者曾被在沙漠中及山區(qū)有魚及海生貝殼的存在感到迷惑。公元前450 年希羅多德（Herodotus）注意到埃及沙漠，并正確地認為地中海曾淹沒過那一地區(qū)。
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