進(jìn)口原材料受天氣、國際市場(chǎng)變化等因素影響。今年以來日益的全球糧食危機(jī)對(duì)國際生物燃料產(chǎn)生了直接影響。生產(chǎn)工藝不成熟?，F(xiàn)有成熟工藝存在著燃料穩(wěn)定性不夠或潤滑性差等缺點(diǎn)。

產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒有競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。雖然航空公司也會(huì)購買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會(huì)很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

此外，可以制定政策，引導(dǎo)消費(fèi)者積極參與生物燃料的使用。歐盟航空公司開發(fā)了碳排放交易系統(tǒng)，并為航空公司規(guī)定了碳排放配額。在該系統(tǒng)中，以2004年至2006年往返歐盟的航空公司的年平均碳排放量作為該航空公司的排放基線。